Кафедра була створена в липні 2003 року на виконання вимог Міжнародної морської організації з метою підвищення ефективності навчального процесу з підготовки фахівців морегосподарського комплексу в сфері забезпечення безпеки екіпажів морських суден та морських перевезень, охорони об’єктів транспорту, запобігання забрудненню навколишнього середовища. Кафедра мала назву «Охорона та безпека на морі».
У 2017 році на базі судномеханічного факультету ОНМУ, був створений Науково-навчальний інститут морського флоту (ННІМФ), і в зв'язку з необхідністю проведення навчальних занять по різних питаннях судноводіння, кафедра була перейменована в кафедру «Судноводіння і морської безпеки».
Завідувачем кафедри з моменту її створення є випускник судномеханічного факультету університету, кандидат технічних наук, професор університету Андрій Олександрович Волошин.
На кафедрі створена необхідна навчальна матеріальна база. Викладачі кафедри повністю забезпечили навчально-методичною документацією всі напрямки своєї роботи, використовують сучасні методи навчання. Фільмотека навчальних фільмів та пакет навчальних комп’ютерних програм, яку зібрали і використовують викладачі кафедри, нараховує більш 600 одиниць. У навчальному процесі використовуються найсвіжіші документи Міжнародної Морської Організації, Європейського агентства морської безпеки, велика бібліотека яких створена на кафедрі.